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构建系统发育树~序列对比 MEGA、MAFFT(图文教程)

前言 构建进化树的流程为:整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础,主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。 一、MEGA进行序列对比 刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0,首先点击Alig…

使用mafft进行多序列比对

欢迎关注”生信修炼手册”! 对于几千条序列的多序列比对,无论是从准确度还是运行速度上考虑,muscle通常都是最佳选择。但是muscle 的内存优化做的并不好,如果所需内存超出了机器内存,此时可以考虑mafft 这个工具。官网如下 https:…

clustalw序列比对_生信学习笔记——Python+Mafft实现批量化多序列比对

Mafft介绍 一提到多重序列比对,很多人禁不住就想到ClustalW(Clustalx为ClustalW的GUI版),其实有一款多重序列比对软件-MAFFT,不论从比对速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),还是比对准确性(MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW)来说,其相比于Clus…

生信软件,就是赢家通吃:最佳生信比对软件

在生物信息学中,比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。今天,我将带大家了解几款常用的比对软件,分析它们的功能特点、优缺点,以及它们在不同研究场景中的适用性。…

生信步骤|MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的基因搜索

蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列,那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域,寻找在蛋白数据库中上是否也有一样保守域的蛋白。而后根据统计学模型,将显著性较高的蛋白序列预测为同一类基因家族蛋…

多序列比对算法MAFFT以及HMMER和profile文件的使用

最近需要将蛋白质建模与虚拟筛选结合起来使用,要做的笔记可能会有点杂,有些可以拿来参考的。 一、多序列比对算法MAFFT 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多,有文献报道:比对速度&…

MAFFT安装及使用-mafft v7.520(bioinfomatics tools-004)

生物序列数据分析是生物信息学的核心任务,是了解生物大分子结构和功能、生物进化历程中联系和差异的主要途径。由于测序技术迅猛发展,产生了大量的核苷酸等生物序列数据,同时随着千人基因组和地球生物基因组计划的开展,越来越需要…

打印36进制的条码序列号

打印36进制的条码序列号 客户需求操作步骤客户需求 打印流水码,流水码长度为4,前缀为AAA,后缀为BBB,流水码的内容从0-9,A-Z依次增加,最大值为ZZZZ。 操作步骤 步骤1:依下图所示,增加一个序列号,根据客户需求设置序列号的属性。需要注意的是最大值为ZZZZ,以及数值类…

Python爬虫入门教程 31-100 36氪(36kr)数据抓取 scrapy

1. 36氪(36kr)数据----写在前面 今天抓取一个新闻媒体,36kr的文章内容,也是为后面的数据分析做相应的准备的,预计在12月底,爬虫大概写到50篇案例的时刻,将会迎来一个新的内容,系统的数据分析博文,记得关注哦~ 36kr 让一部分人先看到未来,而你今天要做的事情确实要抓取…

Win10 安装 Mysql 5.7.36

目录 一、下载二、安装三、设置my.ini文件(默认编码)四、设置root远程访问五、设置Windows PATH 注意:在安装时,可以暂时将防火墙关闭。 一、下载 官网下载:https://dev.mysql.com/downloads/installer/ 清华镜像下载:https://mi…

Linux 安装MySQL5.7.36(CentOS7为例)

文章目录 Linux 安装MySQL5.7.36(CentOS7为例)一、下载MySQL数据库(一步到位)各版本下载地址MySQL5.7.35MySQL5.7.36MySQL5.7.37MySQL5.7.38[MySQL8.0(选择Windows 或者 Linux)](https://downloads.mysql.com/archives/community/…

编译安装MySQL-5.7.36

下载:https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 1.先确保机器上没有安装mysql,可以通以下命令查看: yum list installed |grep mysqlrpm -qa |grep mysqlfind /* -name mysql 如果有mysql相关的目录的话,删除对应的目录就行了 …

SAP SM36 后台作业「实例」

前言 Q: 为什么需要使用「后台作业」? 业务需求,需要周期性运行的任务如果一个报表查询时间过长(比如客户服务器配置过于一般,程序代码优化过于 xxx),那么为了保证程序成功跑完,建议让程序在后台…

SAP SM36 后台作业设置全解析

SM36是设置SAP周期性运行的事务码 来测试一下,首先先写一个程序: 我有一个zzp_people2的数据表. DATA : INT1 TYPE I. DATA : ITAB LIKE ZZP_PEOPLE2. CALL FUNCTION QF05_RANDOM_INTEGEREXPORTINGRAN_INT_MAX 9999999RAN_INT_MIN 1000000IMPORT…

Centos7安装mysql5.7.36

LINUX 1分钟安装mysql5.7 适用于centos7系统下载上传安装包开始安装启动登录配置环境变量设置开机自启适用于centos7系统 下载上传安装包 官网地址https://downloads.mysql.com/archives/community/ 选择对应系统和版本 点击Download下载mysql安装包 开始安装 创建mysql用…

Finder Error code -36 “访达” 错误代码-36

导致这个问题的原因是你的iCloud (iCloud和iCloud Drive是不一样的) 快满了。 如果你想解决这个问题,有以下三个方法: 1、多买苹果iCloud。(是的,苹果现在太恶心了。但这是最简单的方法。) 2、在关闭 iCloud Drive之前,将数据复制…

UDS关于0x36数据传输学习笔记

1.服务说明 客户端使用TransferData服务将数据从客户端传输到服务器(下载)或从服务器传输到客户端(上传)。 数据传输方向由前面的RequestDownload或RequestUpload服务定义。如果客户端发起了RequestDownload,则要下载的…

fedora 36网络配置

自从最近更新到fedora36后,发现找不到/etc/sysconfig/network-scripts文件夹了,以往的/etc/init.d/network 相关命令也无法使用(但ifconfig可以),后来看了官方文档,Fedora 36 的安装中移除了对这些传统网络…

WIN环境下安装MySql5.7.36

WIN环境下安装MySql5.7.36 一.准备环境二.安装过程三.配置变量四.配置MySql配置文件五.MySql安装和系统初始化六.配置远程链接 一.准备环境 1)本次安装包使用Mysql5.7.6.msi安装包。 2)安装建议插件Microsoft Visual C 2017 Redistributable (x64).exe、vcredist_x64.exe&…

【ISO14229_UDS刷写】-3-$36诊断服务TransferData理论部分

总目录:(单击下方链接皆可跳转至专栏总目录) 《UDS/OBD诊断需求编辑工具》总目录https://blog.csdn.net/qfmzhu/article/details/123697014 目录 1 $0x36 TransferData诊断服务描述 2 0x36服务请求消息 2.1 0x36服务请求消息定义 2.2 0…