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SRA-Toolkit安装

SRA-Toolkit下载 SRA(Sequence Read Archive)数据库是用于存储二代测序的原始数据的数据库。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies 研…

Linux服务器安装SRAToolkit教程

SRAToolkit是由NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供的一个工具集,用于下载、读取和转换SRA(Sequence Read Archive)格式的数据文件。这些数据文件包含了大规模的核酸序列数据,对于基因组学研究至关重要。本教程将指导你在Linux服务器上安装SRAToolkit。 关于windows如何…

Windows系统安装SRA Toolkit

在NCBI 官网进入download 选择download tools 找到SRA Toolkit 并点击download 选择Windows系统 下载完成后解压缩 打开此电脑,属性,环境变量 系统变量,双击path 点击新建,将刚刚的bin地址复制,点击确定 返回桌面&am…

工具:如何在国内高速下载SRA

如何在国内高速下载SRA 下载公共测序数据,一般是通过在NCBI上搜索到study的Run SRA号,然后使用NCBI提供的prefetch下载数据,但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢,因此推荐使用EBI提供的enaBrowserToolsAspera的方式从ENA下…

利用ascp下载SRA Explorer中转录组数据

最近在windows系统里下载了MobaXterm可以远程登入服务器,处理RNA的数据,需要从NCBI数据库上下载数据。本文提供用虚拟机ubuntu或者linux系统下载Aspera的方法和问题解决,以及从NCBI上批量下载数据库、最后得到一个项目里的所有fastq文件。 Aspera下载数据巨快,100多条fast…

SRA Tools 项目教程

SRA Tools 项目教程 sra-tools SRA Tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-tools 1. 项目目录结构及介绍 SRA Tools 项目的目录结构如下: sra-tools/ ├── build/ ├── libs/ ├── ngs/ ├── scripts/ ├── setup/ ├── shar…

SRA数据库及linux本地下载

目录 一、SRA数据库 二、SRA数据库下载 1.SRA Toolkit下载数据 1.1. 下载压缩包 1.2. 解压及配置环境 1.3.下载.sra文件以及转换.fastq文件 2、wget, curl 下载数据 3、aspera下载数据 4、grabseqs下载数据 sra转化为fastq 一、SRA数据库 SRA(Sequence Re…

SRA Toolkit简单使用(prefetch和fastq-dump)

工具下载网址: 01. 下载 SRA Toolkit ncbi/sra-tools 维基https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 我下载的是linux 3.0.10版,目前最新版如下:https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz pr…

SRA数据库

简介 序列读取存档(sequence Read Archive,SRA)数据是可通过多个云提供商和NCBI服务器获得的,它是最大的可公开获得的高通量测序数据存储库。SRA接受来自生活各个部门以及宏基因组学和环境调查的数据。SRA存储原始测序数据和比对…

SRATOOLKIT安装使用教程for_win

SRATOOLKIT安装使用教程for_win 软件下载 官网下载:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 内部下载:http://192.168.1.124/sratoolkit/sratoolkit.current-win64.zip 下载完成后解压到d盘D:\sratoolkit 设置环境变量&…

SRA数据下载

0.简介 主要讲如何通过利用aspera快速下载sra数据。 1.数据搜寻 一般大多数还是习惯在NCBI上检索数据,比如我随便搜索一个拟南芥的SRA数据。 SRR627952: 但是一般下载还是在EBI上下,EBI和NCBI SRA号是通用的。EBI下载界面比NCBI人性化很多…

SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)

sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献…

下载sra原始数据(包含储存在sra-sos的数据)

对于一个做生信分析的学生,从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上,我尝试了无数次,aspera也装了,但都不能下载。之后在实验室师兄带…

Tello无人机版之使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习

预备基础:使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习 https://blog.csdn.net/ZhangRelay/article/details/78857311 tello scratch官方版教程,参考dji论坛: Tello特洛无人机Scratch编程入门::bbs.dji.com/thread-167007-1-1.html 但是没有…

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第15届蓝桥杯省赛真题剖析-2024年8月24日Scratch初级组

[导读]:超平老师的《Scratch蓝桥杯真题解析100讲》已经全部完成,后续会不定期解读蓝桥杯真题,这是Scratch蓝桥杯真题解析第185讲。 第15届蓝桥杯省赛已于2024年8月24日正式落下帷幕,比赛仍然采取线上形式。本次省赛初级组和中级组…

scratch编程结构:基本结构和循环结构

文章目录 程序基本结构1.顺序结构2. 循环结构3. 分支结构 循环结构1. 无限循环2. 遍历循环3.条件循环4. 嵌套循环 程序基本结构 1.顺序结构 顺序结构的程序设计是最简单的,只要按照解决问题的顺序写出相应的指令就行,它的执行顺序是自上而下&#xff0c…

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中国电子学会scratch等级考试三级历年真题解析 scratch等级考试三级考纲说明 一、考点分析 Scratch三级知识点思维导图 二、培养目标 掌握高级编程功能操作 掌握变量、随机数、广播消息、克隆体等高级功能的应用,能灵活使用画笔模块的参数设置(如调整…

历届蓝桥杯Scratch编程省赛 初级 中级 青少年编程比赛省赛真题解析【持续更新 已更新至55题】

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scratch基础讲解与小游戏制作(接水果)

大家在学习了一个程序设计语言之后,就很容易理解其他语言。或者没学习过其他语言也没关系,今天带领大家做一个接水果小游戏。 提醒:scratch最上面导航栏分为代码块(积木块)和背景和声音,每个角色都有自己的…