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如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件

一、文件介绍 1.1 fastq文件介绍: 第一行:以开头,包含测序信息; 第二行:序列信息 第三行:符号“” 第四行:序列测序质量文件,具体参考ASCII码 1.2 fasta文件介绍: 第一行…

生信分析常见文件——fasta和fatsq文件

一、FASTQ文件 原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式。 HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATC…

seqkit——fastq/fasta快速处理

本文来自&#xff1a;https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ seqkit SeqKit -- a cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulationVersion: 0.9.1Author: Wei Shen <shenwei356gmail.com>Documents : http://bioinf.shenwei.me/seqkit Source …

R语言读入FASTA 蛋白质序列文件 生成SeqLogo

文章目录 一、效果展示1. FASTA文件蛋白质序列文件2. 数据可视化 二、使用R语言实现1、读入FASTA文件&#xff1a;R语言-Biostrings包1.1 安装1.2 使用 2. 绘制seq logo图&#xff1a;R语言-ggseqlogo包2.1 安装2.2 读数据2.3 可视化2.4 自定义 3. Demo 三、使用在线工具[Weblo…

利用Swiss-model API进行蛋白序列提交及蛋白结构建模

0. Swiss-model简介&#xff1a; Swiss-Model是利用同源建模的方法对蛋白质结构进行在线预测的网站。 网站&#xff1a;https://swissmodel.expasy.org/ 注&#xff1a;官方有给出Swiss-model API&#xff0c;实现以编程的形式提交建模项目&#xff08;详情见&#xff1a;http…

利用Python读取fasta文件并进行一系列操作(上)

利用Python读取fasta文件并进行一系列操作&#xff08;上&#xff09; 概述 语言&#xff1a;python3.8 模块&#xff1a;pysam collections 可选&#xff1a;jupyter 整体思路&#xff1a;将fasta格式的基因原始数据处理为方便读写的txt格式并进行操作 步骤&#xff1a; 获取…

【Python】FastAPI服务注册到Nacos

Python FastAPI服务注册到Nacos 写在开始一、Nacos的本地安装部署二、Python服务注册到nacosPython版本的兼容问题 三、具体实现写在最后 写在开始 关于Python使用fastapi将服务注册到nacos上的实现&#xff0c;有两种渠道&#xff08;我只找到这两种&#xff0c;也可能还有其…

React基础入门

系统学习React 一.基础知识邂逅React开发React系列一 - 核心JSX语法一React系列二 - 核心JSX语法二React系列三 - 阶段案例练习React系列四 - React脚手架React系列五 - 组件化开发(一)React系列六 - 父子组件通信React系列七 - 非父子组件通信React系列八 - 深入理解setStateR…

react使用nprogress

nprogress用途 nprogress主要应用的场景为页面切换和请求数据&#xff0c;在进行这两项操作时浏览器的顶部会出现进度条&#xff0c;优化用户体验。 效果图 1.页面切换时 2.请求接口时 显示的效果都是一致的。 实现方式 页面切换 注&#xff1a;使用的react构建方式为&…

React面试题

]kk前端全部面试题 86张脑图&#xff0c;一口气看完 React &#x1f389; - 掘金 2019年17道高频React面试题及详解 - 掘金 2019年17道高频React面试题及详解 - 掘金 https://blog.csdn.net/qq_40055200/article/details/104637574 React面试题 1.react hook的好处和限制是…

React使用antd

antd antd是AntDesign的简称&#xff0c;它是基于 Ant Design 设计体系的 React UI 组件库&#xff0c;主要用于研发企业级中后台产品。 国外镜像&#xff1a;https://ant.design/docs/react/introduce-cn 国内镜像&#xff1a;https://ant-design.gitee.io/docs/react/intr…

基于RT-thread使用STM32F407驱动LCD屏幕

前言 不管哪款LCD&#xff0c;都是同理的&#xff0c;我这款LCD是用的IIC通信。 然后本工程使用普通IO口模拟IIC时序进行通信 一、拿到一款LCD首先确认通信方式&#xff0c;然后确认通信接口 二、然后就是确认控制指令&#xff0c;(指令太多放不完&#xff0c;我就放一部分&a…

LNMP原理介绍

一、LNMP的简介&#xff1a; LNMP代表的就是&#xff1a;Linux系统下NginxMySQLPHP这种网站服务器架构。Nginx是一个高性能的HTTP和反向代理服务器&#xff0c;也是一个IMAP/POP3/SMTP代理服务器。Mysql是一个小型关系型数据库管理系统。PHP是一种在服务器端执行的嵌入HTML文档…

ubuntu 18.04 安装 LNMP

20181228 ubuntu 18.04 安装 LNMP 开始时是要学习 Docker 中 安装 nginx、php、mysql的 开始的时候虚拟机上 ubuntu 18.04 an zhao按照官网已经安装过了 LAMP 然后就总是出现这样那样的错误&#xff01;浪费无数脑细胞之后&#xff0c;决定从头开始&#xff01; 安装完 ubuntu…

lnmp 之php安装

安装php 1.安装libxml2 [官方网站] http://xmlsoft.org/ 命令流程&#xff1a; #cd /usr/local/source #wget ftp://xmlsoft.org/libxml2/libxml2-2.9.3.tar.gz #tar -zxvf libxml2-2.9.3.tar.gz #cd libxml2-2.9.3 #./configure --prefix/usr/local/package/libxml2 --wi…

LNMP一键安装包

LNMP一键安装包是什么? LNMP一键安装包是一个用Linux Shell编写的可以为CentOS/RHEL/Fedora/Debian/Ubuntu/Raspbian/Deepin/Alibaba/Amazon/Mint/Oracle/Rocky/Alma/Kali/UOS/银河麒麟/openEuler/Anolis OS Linux VPS或独立主机安装LNMP(Nginx/MySQL/PHP)、LNMPA(Nginx/MySQ…

构建LNMP+WordPress

一、案例实施 1. 安装LNMP环境 1.1 修改主机名 [rootlocalhost ~]# hostnamectl set-hostname lnmp [rootlocalhost ~]# bash [rootlnmp ~]# hostnamectl 1.2 使用脚本安装lnmp 将提供的lnmp1.6-full.tar.gz软件包&#xff0c;上传到虚拟机的/root目录下&#xff0c;并解…

Docker下部署LNMP

前言&#xff1a;由于是个人搭建这边都用root账户&#xff0c;非root账户前面加上sudo或者su root切换为root账户 环境&#xff1a;阿里云的CentOS 7.6 一、安装docker 参考CentOS Docker 安装 | 菜鸟教程 不再赘述 二、部署MySQL 1、拉取mysql镜像 docker pull mysql …

LNMP一键安装

系统centos 7 虚拟机测试完成分开安装&#xff0c;配置起来很麻烦&#xff0c;因为要让nginx支持PHP必须进行一系列配置&#xff0c;nginx整合php-fpm从下面这个链接可以清楚的看到略显麻烦的配置过程https://www.cnblogs.com/jecyhw/p/5504855.html 但是以下这种一键安装的方…

LNMP架构部署

LNMP架构部署 前言&#xff1a;看到这个LNMP架构&#xff0c;大家是不是感觉似曾相识&#xff1f;对哒&#xff0c;不要怀疑自己的感觉&#xff0c;一定要相信自己。看过我博客的肯定熟悉&#xff0c;不看的虽然也有可能熟悉。但是你如果不熟悉这是啥玩楞&#xff0c;你去翻翻…