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2024/11/14 12:18:00
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linux下pfam使用方法,利用Pfam数据库的信息做转录因子的分类
我们知道蛋白一般由一个或多个功能域所组成,在不同蛋白质组合中出现的不同结构域导致了自然界中蛋白质复杂的多样性。鉴定一个蛋白中的结构域有助于更深入地理解蛋白功能。其中Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库,每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs(hidden Markovmodels…
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linux下pfam使用方法,使用pfam-scan进行预测
一、 安装 使用conda安装Pfam_scan $ conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境,用于安装pfam-scan $ source activate pfam_scan $ conda install pfam_scan pfam_scan依赖bioperl,因此,通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令…
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linux下pfam使用方法,pfam数据库介绍及使用
一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域,这些区域称之为domain,domain 可以看作蛋白质功能的基本单位,蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定,研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能,而具…
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Pfam:蛋白质家族数据库简介
欢迎关注”生信修炼手册”! 在蛋白质分子中,包含多个结构特异并且功能区里的区域,这些区域称之为domain, domain 可以看做蛋白质功能的基本单位,蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库,根据多序列比对…
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pfam基本介绍,以及蛋白质序列下载
Pfam网站地址:http://pfam.xfam.org/ 主页面 1. 检索 序列搜索:分析您的蛋白质序列以进行Pfam匹配查看PFAM条目:查看Pfam批注和对齐方式查看一个clan:查看相关条目组查看序列:查看蛋白质序列的结构域组织查看结构&…
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SEQ 3. pfam数据库的注释及本地分析 (pfam_scan)
简 介 Pfam数据库是一个蛋白质家族的大集合,每个家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型(hmm)表示。蛋白质通常由一个或多个功能区组成,通常称为结构域。不同的结构域组合产生了自然界中发现的各种各样的蛋白质。因此,鉴定发生在蛋白质内部…
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603. 大学生HTML55期末大作业 ―【赵丽颖明星主题精品网页】 Web前端网页制作 html5+css3
目录 一、网页概述 二、网页文件 三、网页效果 四、代码展示 1.html 2.CSS 五、总结 1.简洁实用 2.使用方便 3.整体性好 4.形象突出 5.交互式强 六、更多推荐 欢迎光临仙女的网页世界!这里有各行各业的Web前端网页制作的案例,样式齐全新颖&…
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python串口收发
一、安装串口模块 pip install pyserial 二、串口接口 打印可用串口列表 port_list list(serial.tools.list_ports.comports()) print(port_list)打开串口,并得到串口对象 serserial.Serial(portx,bps,timeouttimex) name:设备名字 port:读或者写端…
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python发送http请求
前言 在python中,发送http大多使用requests来发送,因为他使用起来非常方便,代码非常简洁。 快速入门 1.发送get请求 # 导入requests包 import requestsurl "http://www.tuling123.com/openapi/api" myParams {"key"…
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python矩阵乘法运算
一、矩阵乘法 矩阵乘法为 AB 或 np.dot(A,B) ,若为对应元素相乘则用 A*B 或 np.multiply(A,B) 。 1. AB 和 np.dot(A,B) A np.array([[1,2],[3,4] ])B np.array([[1,2],[3,4] ])C1 A B C2 np.dot(A,B) print(C1) print(---------) print(C2)输出为 [[ 7 10…
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Python CSV简介
文章目录 前言一、CSV简介1.1 什么是CSV?1.2 为什么要使用CSV?1.3 使用Excel生成CSV文件 二、Python CSV常用方法三、用Python来操作CSV文件1.引入库2.读入数据(使用csv.reader)3.写入数据(使用csv.writer)…
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python输出去掉空格
在输出后面加上sep ah bo print(a,ell,b,sep) 不加sep: 加上sep:
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python打印当前时间
1、打印当前时间 运行程序时可能需要记录 import datetimetime datetime.datetime.now().strftime(%Y-%m-%d %H:%M:%S)print(time)打印出的结果 2、保存模型 方法1:保存网络和参数 torch.save(model, model.pth)读取: model torch.load(model.pt…
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Python静态方法
Python静态方法 什么是静态方法?静态方法是干什么的?在Python里面静态方法和我们平时写的函数def是一样的。唯一不同之处就是它可以存在于类中,不同实例化类也可以调用。话不多说,通过例题看一下。 例题思路: 在类中编写静态方法…
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Python3中.whl文件介绍
1. wheel介绍: .whl文件(WHL file)也称为轮子(wheel),这是用于python分发(distribution)的标准内置包格式(standard built-package format)。它包含安装所需的所有文件和元数据(metadata)。.whl文件使用zip进行压缩。.whl文件还包含有关此wheel文件支持的…
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python字典排序方法
python中的【字典】是“键-值对”的无序可变序列。 在实际运用中,对字典类型数据进行排序是一个比较常见的操作。 主要用到了python内置函数sorted(),该函数可以对所有可迭代的对象进行排序操作。 sorted()语法如下(python3)&…
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python绘制散点图
用法 matplotlib.pyplot.scatter(x, y, sNone, cNone, markerNone, cmapNone, normNone, vminNone, vmaxNone, alphaNone, linewidthsNone, *, edgecolorsNone, plotnonfiniteFalse, dataNone, **kwargs)参数介绍 x,y绘制散点图的数据float or array-like, shape(n,)s一个实数…
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python绘制奥运五环
提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言一、绘制奥运五环标记源码如下:效果 总结 前言 为了让初学者更加容易接受编程,我们这里先从海龟画图开始讲解。这样,大家在…
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淘宝抢购Python脚本
想买mate40,但总是抢不到,所以想试着能不能写个脚本代码。 第一步:把想要抢购的商品加进购物车,注意:脚本是对购物车内全部商品进行下单操作,所以不够买的商品最好先从购物车内删除。 第二步:写好Python脚本,在抢购之前运行,并设置好抢购时间。 Python脚本实现 安装…
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Python代码整洁之道
在软件开发中,代码的整洁性对于项目的长期成功至关重要。整洁的代码不仅易于阅读和理解,还更易于维护和扩展。Python以其简洁、易读和强大的功能而著称,但即使是Python代码,如果不加以注意,也可能变得混乱不堪。以下是…
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