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基于DemoData的DPABI首次运行及SPM安装
dpabi在 电脑里面装了好久了，要捡起来处理fMRI ，小白记录一下首次运行的过程和坑。 1、 基于matlab 安装好DPABI 工具箱 Dpabi的下载与安装 2、自官网下载数据 http://rfmri.org/content/demonstrational-data-resting-state-fmri 3、查看DemoData文件夹…
Ubuntu docker镜像中下载安装 DPABI（DPARSF）
目标
在Ubuntu服务器的docker镜像中用MATLAB运行DPABI（以及使用DPARSF的功能）。
环境
系统： 在Ubuntu的docker镜像中（Ubuntu 18.04.6 LTS），远程可视化用的是VNC（xfce4）。 MATLAB版…
Dpabi数据预处理（无T1结构图像）
Tips：对fMRI功能图像和结构图像预处理的可参考另外一篇博主的文章，很详细。点击跳转 但是对于我所要分析研究的fMRI数据没有结构像，所以那篇文章对于我来说也是一个学习和参考，也是摸索了好久才有点头绪，希望自己的一点经验能帮到大家。 目录 一、准备工作二、勾选预处理项…
fMRI预处理-DPABI
dpabi下载及安装 dpabi下载后，存储在任意位置，并将存储路径添加到matlab的path，例我的dpabi存储在"E:\matlab\soft\DPABI_V4.0_190305"，添加步骤如下： 运行dpabi 命令行输入dpabi，然后回车 一路确定 选择dpasf
Dpabi v.1.8 使用过程
最近打算做一些脑功能相关的分析，采用dpabi这个软件，记录一下遇到的错误 首先是安装，就采用先安装spm12，在安装dpabi 记得关闭VPN，不然一直无法弹出界面，会一直卡在这里
在docker环境下安装dpabi
安装过程很简单，官网写的也很明白，会写这篇是因为不太熟悉很多软件，导致安装过程出现了很多小问题。
以前都是在matlab中运行dpabi，matlab安装起来很麻烦，而且安装包很大，我现在用的版本已经有20g…
基于Dpabi的功能连接
1.预处理
这里预处理用Gretna软件进行，共分为以下几步：
（1）DICOM转NIfTI格式 (2)去除前10个时间点(Remove first 10 times points)：由于机器刚启动、被试刚躺进去也还需适应环境，导致刚开始扫描的数据很…
基于DPABI的RS-fMRI预处理理解及详细操作步骤
分析rs-fMRI数据之前进行预处理是第一步，直接上验证过的非常详细的DPABI预处理步骤如下。 1.理论知识——通用的fMRI数据预处理
(1) 去除开始的几个时间点 扫描仪启动后，需要初始化，初始化时的磁场是不稳定的，为了去除不稳定…
DPABI小鼠数据处理指南
DPABI小鼠数据处理指南 【下载地址】DPABI小鼠数据处理指南 本仓库提供了一个名为“dpabi小鼠数据处理.pdf”的资源文件，该文件详细介绍了如何使用DPABI工具进行小鼠数据处理。DPABI（Data Processing & Analysis for Brain Imaging）是一款…
dpabi viewer使用
最近写文章用到了dpabi里的viewer，记录一下自己用到的功能。 之前用过REST里的viewer，但是个人感觉不太好用，首先REST对matlab的版本有要求，不能太高，matlab2012才可以，matlab2015都不行。再一个，REST需要自己选择under lay的结构图，dpabi的是已经指定了ch2.nii了，比较…
【DPABI教程】DPARSF详细教程笔记
前言
最近在学习使用DPABI对fMRI数据进行分析处理，在处理过程当中难免会遇到一些小问题，而且处理步骤繁多，因此对DPARSF（主要针对体空间分析）的整个处理流程整理成笔记，中间会加上一些自己在处理过程当中遇…
【Dpabi】QC板块应用的初步学习
打开MATLAB，输入dpabi，进入dpabi界面，找到quality control并点击 这是直接打开qc的初始界面 1、working directory ： 文件所在路径，即包含FunImg、T1Img、头动信息、normalize信息等的文件夹
2、directory name to ge…
DPABI 的下载与安装
今天基于Matlab 安装了DPABI 工具箱，记录一下过程如下：
（1）DPABI下载官网： http://rfmri.org/DPABI （2）dpabi的安装 1）将dpabi 文件夹拷贝到matlab 的安装目录toolbox中 2ÿ…
基于Dpabi和spm12的脑脊液（csf）分割和提取笔记
一、前言 脑脊液（csf）一直被认为与新陈代谢有重要关联，其为许多神经科学研究提供重要价值，从fMRI图像中提取脑脊液信号可用于多种神经系统疾病的诊断。特别是自2019年Science上那篇著名的csf-BOLD文章发表后，大家都试图…
CMR（IF=50.129）重磅综述|肠-脑轴新疗法：肠道菌群如何影响人类神经系统疾病
人体充满了大量的共生微生物，包括细菌、病毒和真菌，统称为人体微生物组。微生物最初获取发生在外部和母体环境中，其中绝大多数定殖于胃肠道（GIT）。这些微生物群落在免疫系统、中枢神经系统和GIT系统的成熟和发育中发挥…
L38.linux命令每日一练 -- 第六章 文件备份与压缩命令 -- zip和unzip
6.3 zip：打包和压缩文件
6.3.1 命令详解
【命令星级】 ★★★★☆
【功能说明】
zip压缩格式是Windows与Linux等多平台通用的压缩格式。和gzip命令相比，zip命令压缩文件不仅不会删除源文件，而且还可以压缩目录。
【语法格式…
Postman深入学习之Test测试与断言Assert，还能设置环境变量
什么是断言
做过测试的同学，都知道断言。如果结果和预期一致，则用例通过；如果不一致，则断言失败，用例失败。 有了断言后，就为我们做自动化提供了条件，并且在postman中的断言是非常方便和强大的…