数据挖掘 数据挖掘学习笔记——GEO数据库：芯片数据分析 文章目录 数据挖掘一、芯片基础知识1.1、背景 二、GEO数据库概述2.1、基础简介2.2、检索页面展示 三、GSE项目的三种下载方式3.1、主页下载原始数据3.2、主页下载表达矩阵3.3、GEOquery包下载表达量 四、基因…

affy芯片质量控制 前言 大家手头的芯片数据一般有两个来源，一个是自己做的芯片的数据，一个是从数据库下载的芯片数据。 如果是自己做的芯片的数据，是一定要进行芯片质量控制的。虽然厂家会提供芯片质量分析的结果，但如果有可能的话，最好还是自己也进行质量分析。根据分…

数据详细信息介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE65168 从网站中下载编号为GSE65168 的数据集，平台是GPL6244【HuGene-1_0-st】,是Affymetrix公司的新一代芯片（WT），所以因此选择oligo包读取CEL数据&am…

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子都曰了，工欲善其事，必先利其器。科研江湖凶险，不备几手常用兵器并日日习练，怎能与擅长套路的老油子们一争高下？ 科研这一行的兵器多如牛毛，岂能样样精通？解螺旋精选20款科研神兵器，馈送亲们，还贴心的附上使用攻略。 今天先放出前10个阅读写作类和分子生物学方面的软…

背景知识 单细胞中RNA的种类和含量问题 RNA中80%是rRNA，因此，首先要解决如何高效富集总RNA中的mRNA的问题；其次，在单个细胞当中mRNA大约只有0.2pg（1pg10-12g），为了达到高通量建库所需的μg&…

基因芯片(genechip)（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带…

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理 芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库 芯片数据分析笔记【03】 | GEO数据库使用教程及在线数据分析工具 芯片数据分析笔记【04】 | ArrayExpress 数据库介绍 芯片原始数据文件包括：① 芯片图像扫描得到的记录光信号强度…

GEO是当今最大、最全的公共基因数据资源库，包括基因的表达、突变、修饰等信息，涵盖几乎所有的疾病，且单个实验检测样品数目较多，是我们分析、学习的很好资源。 实验设计 原始文章对14个溃疡性结肠炎病人 (Ulcerative colitis, U…

一、简要介绍 Cell Ranger可处理Chromium single-cell RNA-seq 的输出： （1）align reads, （2）generate feature-barcode matrices （3）perform clustering and gene expression analysis (1)四个…

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 本期，我们讲讲m5C RNA甲基化重亚硫酸盐测序测序（RNA-BS）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。 一、m5C RNA甲…

原文信息 原文标题：Bacterial species rarely work together 发表期刊：Science 发表时间：2022.05 影响因子：47.73 第一作者：Jacob D. Palmer 通讯作者：Jacob D. Palmer 第一单位：University of …

在qPCR实验过程中，合理的实验设计，探针及引物的高质量合成是其成功的关键。qPCR目前依然是核酸荧光定量检测的常规实验，然而获得信号特异、低背景的qPCR结果也非易事。从qPCR小白到大神，学习和摸索是少不了的。但是，君…

产品名称：低聚杯芳烃 英文名称：oligo-calixarene 产地：西安 规格：1mg 5mg 10mg 纯度：99% 状态：固体/粉末 储藏条件：冷藏-20℃ 温馨提示：仅用于科研，不能用于人体实…

OligoGreen染料|花菁类（Cyanine系列）-引物、Oligo核酸、多肽标记染料 小编：wyf 07.20

点击上方「蓝字」关注我们 聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction。PCR)是20世纪后期发展起来的一种体外扩增特异DNA片断的技术。具有快速、简便及高度敏感等优点，能极大地缩短目的基因扩增时间。因此，其一直是生物学者们致力于构建cDNA文库、基因克隆以及表达调控研究的…

本博客介绍过 Affy芯片的处理方法 ，其中所使用的软件包有一定的局限性，无法读取和分析一些新版Affy芯片。本文介绍oligo软件包的处理方法以解决这些问题。oligo软件包并不是新出现的软件包，只因新类型芯片的不断推出，关注它的用户越来越多。而且，除了用于Affy芯片处理外，…

寡核苷酸序列（Oligo）合成已广泛应用于生物研究的各个方面，比如二代测序，PCR及基因编辑等。适当的保存条件以保持Oligo的稳定是确保后续实验结果可靠的重要前提。IDT自1987年便开始了Oligo的合成业务和对Oligo稳定性的研究。整体来…

软件介绍 Oligo是一款引物设计软件，它的主要功能就是设计和分析序列和PCR引物，合成基因和各种探针，包括小分子干扰核苷酸和分子信标的工具。它分为三种图，分别为Frq图、Tm图和ΔG图，能够更好的帮助初学者进行软件的使…

在学习Spring框架的时候往往需要用到xsd约束文件，但是默认情况下是一超链接的形式，即需要向官网请求，如下图 那么如何导入本地xsd文件呢？这里以Spring的bean约束来举例： 如果已经弄好默认bean约束的（如上图…