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这次爬取的植物分类，也就是 植物所属的界、门、纲、目、科、属、门、种，来自于下面这个网站提供的接口，用户注册之后每天能够调用2000次API。Species 2000 China,Catalogue of Life China,CoL China 物种2000中国节点 中国生物物种名录 (sp20…
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)
在「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓…
一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
基础知识 首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb&#x…
生信小白入门必看网站！常用数据库分享
新手上路，如何快速了解自己课题，含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的，可结合自己的研究背景挑选使用，主要是应用在组学研究or基因功能研究中。
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大豆重测序-文献精读53
Natural variation in GmSW17 controls seed size in soybean
GmSW17的自然变异控制大豆种子的大小 摘要
种子大小/重量在决定作物产量中起着重要作用，但在大豆中，仅有少数控制种子大小的基因被鉴定出来。在本研究中，我们进行了全基因组关联…
linux 基因组数据下载,批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据
写在前面 今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之前的记录。 2017年的记录 稍微整理了流程，方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点，一个一个下载，太浪费时间且不稳定。调试了…
linux 基因组数据下载,phytozome植物基因组下载网站
Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功…
拟南芥中基因家族序列的提取
1.拟南芥基因组数据的下载
phytozome 是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理 2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件 …
RALM: 实时 Look-alike 算法在微信看一看中的应用
嘉宾：刘雨丹 腾讯 高级研究员
整理：Jane Zhang
来源：DataFunTalk
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注：欢迎关注DataFunTalk同名公众号，收看第一手原创技术文章。
导读：本次分享是微信看一看团队在 KDD2019 上发表的一篇论文。长尾问题是推荐系统中的经典问题，但现今流行的点击率预估…
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推荐系统领域中那些巧妙运用的idea
本人于2019年12月份在知乎平台上提出了《在推荐系统领域有什么巧妙的idea》的问题，截止目前已经有近1k关注，近40k的浏览，可见大家对于推荐系统领域的广泛关注。 问题详细描述 在推荐系统领域中，无论是工业界或者学术界，…
（推荐系统）Youtube：Deep Neural Networks for YouTube Recommendations
摘要
该文首先从youtube推荐任务所面临的实际难题入手，提出了一种切合视频推荐需求的二阶网络推荐算法，具有很强的工程性意义。
1. 简介
YouTube的视频推荐任务目前面临以下三个问题： 规模（scale）：推荐算法应当可以适应youtube视频库中海量的视频内容新鲜度（Freshnes…
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studytonight 简直太棒了！ÿ…
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本系列分为两篇：召回和排序。本部分介绍深度学习在推荐系统中的召回应用。 出处：https://zhuanlan.zhihu.com/p/201159731「文末阅读原文直达出处」作者：摄影师王同学编辑：搜索与推荐Wiki说明：重排原文，一起…