需要用到的软件 MAFFT：多重比对，conda下可以直接安装；也可以通过在线网站https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/AliView：可视化比对结果，http://www.ormbunkar.se/aliview/BMGE：用于移除比对效果差的区…

Haplotype-resolved genome of Mimosa bimucronata revealed insights into leaf movement and nitrogen fixation 光荚含羞草单倍型解析基因组揭示了叶片运动和固氮的相关机制 摘要 背景 光荚含羞草起源于热带美洲，具有独特的叶片运动特征，其运动速度…

使用q2-phylogeny进行系统发育推断 Phylogenetic inference with q2-phylogeny https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/phylogeny/ 开始本节分析前，我们假定你已经完成了前面内容的学习。 在QIIME 2中可用的几个下游多样性指标要求使用正在研究的操作分类单位&a…

利用conda快速安装软件 安装软件与使用软件是计算生物学需要掌握的技能，大部分的软件都是命令行软件。早先的时候安装软件特别麻烦，现在出了很多自动安装软件的框架，例如conda。起初这个框架只是为了方便安装Python 版本与Packages&#xff…

很多生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了 一：安装conda 1：介绍 conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda…

[转记]MAFFT多重序列比对图解教程 【絮语】 一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee&…

【絮语】 一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee&#xff…

前言 构建进化树的流程为：整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础，主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。 一、MEGA进行序列对比 刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0，首先点击Alig…

欢迎关注”生信修炼手册”! 对于几千条序列的多序列比对，无论是从准确度还是运行速度上考虑，muscle通常都是最佳选择。但是muscle 的内存优化做的并不好，如果所需内存超出了机器内存，此时可以考虑mafft 这个工具。官网如下 https:…

Mafft介绍 一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于Clus…

在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。…

蛋白质都是由相似的小型结构域组成的。如果我们有若干个已知的蛋白序列，那我们就可以根据这些蛋白序列比较其含有的保守域，寻找在蛋白数据库中上是否也有一样保守域的蛋白。而后根据统计学模型，将显著性较高的蛋白序列预测为同一类基因家族蛋…

最近需要将蛋白质建模与虚拟筛选结合起来使用，要做的笔记可能会有点杂，有些可以拿来参考的。 一、多序列比对算法MAFFT 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度&…

生物序列数据分析是生物信息学的核心任务，是了解生物大分子结构和功能、生物进化历程中联系和差异的主要途径。由于测序技术迅猛发展，产生了大量的核苷酸等生物序列数据，同时随着千人基因组和地球生物基因组计划的开展，越来越需要…

打印36进制的条码序列号 客户需求操作步骤客户需求 打印流水码，流水码长度为4，前缀为AAA，后缀为BBB，流水码的内容从0-9，A-Z依次增加，最大值为ZZZZ。 操作步骤 步骤1：依下图所示，增加一个序列号，根据客户需求设置序列号的属性。需要注意的是最大值为ZZZZ，以及数值类…

1. 36氪(36kr)数据----写在前面 今天抓取一个新闻媒体，36kr的文章内容，也是为后面的数据分析做相应的准备的，预计在12月底，爬虫大概写到50篇案例的时刻，将会迎来一个新的内容，系统的数据分析博文，记得关注哦~ 36kr 让一部分人先看到未来，而你今天要做的事情确实要抓取…

目录 一、下载二、安装三、设置my.ini文件(默认编码)四、设置root远程访问五、设置Windows PATH 注意：在安装时，可以暂时将防火墙关闭。 一、下载 官网下载：https://dev.mysql.com/downloads/installer/ 清华镜像下载：https://mi…

文章目录 Linux 安装MySQL5.7.36(CentOS7为例)一、下载MySQL数据库（一步到位）各版本下载地址MySQL5.7.35MySQL5.7.36MySQL5.7.37MySQL5.7.38[MySQL8.0（选择Windows 或者 Linux）](https://downloads.mysql.com/archives/community/…

下载：https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 1.先确保机器上没有安装mysql，可以通以下命令查看： yum list installed |grep mysqlrpm -qa |grep mysqlfind /* -name mysql 如果有mysql相关的目录的话，删除对应的目录就行了 …

前言 Q: 为什么需要使用「后台作业」？ 业务需求，需要周期性运行的任务如果一个报表查询时间过长（比如客户服务器配置过于一般，程序代码优化过于 xxx），那么为了保证程序成功跑完，建议让程序在后台…