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使用HMMERsearch搜索某物种中含有某蛋白质结构域的全部蛋白
背景：为了确定receptor kinase 3所磷酸化的蛋白，希望从蛋白质结构域互作的角度确定可能与receptor kinase 3互作的蛋白。 存放蛋白质结构域的数据库是Pfam数据库。
1隐马尔可夫模型（HMM）
通过给定已知同源基因蛋白序列ÿ…
生物信息学数据库分类
生物信息学数据库 （一）文献数据库
1、PubMed：拥有超过两百六十万生物医学文献的数据库，这些文献来源于MEDLINE，也就是生物医学文献数据库、生命科学领域学术杂志、以及在线的专业书籍。链接：PubMed (nih.g…
interprotscan安装与调试
环境要求
64-bit LinuxPerl 5 (default on most Linux distributions)Python 3 (InterProScan 5.30-69.0 onwards)Java JDK/JRE version 11 (InterProScan 5.37-76.0 onwards)Environment variables set $JAVA_HOME should point to the location of the JVM$JAVA_HOME/bin sh…
使用PfamScan的API对蛋白结构域进行注释
0. PfamScan简介：
PfamScan是根据Pfam HMM对蛋白质序列进行蛋白家族及结构域的注释的一个工具。 网页端：https://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/pfamscan/ 本地版：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/Tools/
注：因为我只是临时用…
基于TBtools做基因家族分析教程 （全）
基因家族分析笔记-全部开始记录
一、 写在前面
2023年4月中旬自己开始做基因家族的分析，对于这块自己没有接触过，因此也是一个挑战，没事！！！（安慰自己），对于基因家族的分…
有参转录组实战8-基因功能注释_GO_KEGG_swissprot_pfam_TFDB_iTAK
#进行功能注释时，我们只用到蛋白文件，就是上一期提取序列的文件“Ptri.protein.fa”。
#使用命令“grep -c ">" Ptri.protein.fa”统计下“>”的个数，发现有52400个。
#新建文件夹“swissprot”
wget https://ftp.uniprot.or…
linux系统下安装pfam数据库中hmmer软件以及python3非root用户的安装
linux系统下安装pfam数据库中hmmer软件以及python3非root用户的安装 http://hmmer.org/从该链接下载源，其中有Userguide.pdf 下载，解压缩并切换目录 之前已下载python3，但是一直没安装成功。 从头开始下载安装参考这篇博客：https:…
Google Research进军蛋白质结构预测：为Pfam数据库新增680万标注数据
视学算法报道 编辑：LRS 【新智元导读】用深度学习模型来预测蛋白质的结构和功能已经取得了不小的进展，但还缺乏优质的数据。最近Google开源了一个模型ProtENN，提供了680万条蛋白质结构数据Pfam-E，约等于之前十年的工作量。 蛋白…
linux下pfam使用方法,利用Pfam数据库的信息做转录因子的分类
我们知道蛋白一般由一个或多个功能域所组成，在不同蛋白质组合中出现的不同结构域导致了自然界中蛋白质复杂的多样性。鉴定一个蛋白中的结构域有助于更深入地理解蛋白功能。其中Pfam是一个大型蛋白结构域家族的数据库，每个蛋白家族都由多个序列比对和HMMs(hidden Markovmodels…
linux下pfam使用方法,使用pfam-scan进行预测
一、 安装 使用conda安装Pfam_scan $ conda create -n pfam_scan ##可新建一个环境，用于安装pfam-scan $ source activate pfam_scan $ conda install pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令…
linux下pfam使用方法,pfam数据库介绍及使用
一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域，这些区域称之为domain，domain 可以看作蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定，研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能，而具…
Pfam:蛋白质家族数据库简介
欢迎关注”生信修炼手册”! 在蛋白质分子中，包含多个结构特异并且功能区里的区域，这些区域称之为domain， domain 可以看做蛋白质功能的基本单位，蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库，根据多序列比对…
pfam基本介绍，以及蛋白质序列下载
Pfam网站地址：http://pfam.xfam.org/ 主页面
1. 检索 序列搜索：分析您的蛋白质序列以进行Pfam匹配查看PFAM条目：查看Pfam批注和对齐方式查看一个clan：查看相关条目组查看序列：查看蛋白质序列的结构域组织查看结构&…
)
SEQ 3. pfam数据库的注释及本地分析 (pfam_scan)
简 介 Pfam数据库是一个蛋白质家族的大集合，每个家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型(hmm)表示。蛋白质通常由一个或多个功能区组成，通常称为结构域。不同的结构域组合产生了自然界中发现的各种各样的蛋白质。因此，鉴定发生在蛋白质内部…
603. 大学生HTML55期末大作业 ―【赵丽颖明星主题精品网页】 Web前端网页制作 html5+css3
目录
一、网页概述
二、网页文件
三、网页效果
四、代码展示
1.html
2.CSS
五、总结
1.简洁实用
2.使用方便
3.整体性好
4.形象突出
5.交互式强
六、更多推荐 欢迎光临仙女的网页世界！这里有各行各业的Web前端网页制作的案例，样式齐全新颖&…
python串口收发
一、安装串口模块 pip install pyserial
二、串口接口 打印可用串口列表
port_list list(serial.tools.list_ports.comports())
print(port_list)打开串口，并得到串口对象
serserial.Serial(portx,bps,timeouttimex)
name:设备名字
port：读或者写端…
python发送http请求
前言
在python中，发送http大多使用requests来发送，因为他使用起来非常方便，代码非常简洁。
快速入门
1.发送get请求
# 导入requests包
import requestsurl "http://www.tuling123.com/openapi/api"
myParams {"key"…
python矩阵乘法运算
一、矩阵乘法
矩阵乘法为 AB 或 np.dot(A,B) ，若为对应元素相乘则用 A*B 或 np.multiply(A,B) 。
1. AB 和 np.dot(A,B)
A np.array([[1,2],[3,4]
])B np.array([[1,2],[3,4]
])C1 A B
C2 np.dot(A,B)
print(C1)
print(---------)
print(C2)输出为
[[ 7 10…
Python CSV简介
文章目录 前言一、CSV简介1.1 什么是CSV？1.2 为什么要使用CSV？1.3 使用Excel生成CSV文件 二、Python CSV常用方法三、用Python来操作CSV文件1.引入库2.读入数据（使用csv.reader）3.写入数据（使用csv.writer）…
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