TCGA：

小提琴图、箱形图和抖动图都可以用来展现数据的分布情况，但是侧重点又有所不同，通过ggplot2的图层叠加功能可以很容易地将三者合一，从而使图形的信息量更加丰富。 本篇使用的示例数据是iris： library(ggplot2) library(dplyr) dat…

❝ 已经付费加群的小伙伴无需二次付费，等待师兄后续更新即可！ ❞ 封面 从这个系列开始，师兄就带着大家从各大顶级期刊中的Figuer入手，从仿照别人的作图风格到最后实现自己游刃有余的套用在自己的分析数据上！这一系列绝…

TITLE：Multi-Omics and miRNA Interaction Joint Analysis Highlight New Insights Into Anthocyanin Biosynthesis in Peanuts（Arachis hypogaea L.） 译名：miRNA与多组学联合分析阐明花生花青素合成新机制 期刊：Frontiers in Plant Science 日期：2022年2月 下载链接： h…

采集数据正文中每张图片都重复了，且两张重复图片还相连着，但是浏览原文章是正常的。 其实原文也是有两张重复的图片，只是其中一张被隐藏了（隐藏的图片一般是用于不支持脚本的浏览器情况），解决方法也不难&am…

新冠肺炎病毒来势汹汹，成为一场席卷全球的突发公共卫生事件，通过临床数据可知在新型冠状肺炎尤其是重症病例中，很多都是老年人或合并其他基础疾病的患者，肿瘤患者由于自身处于免疫异常状态，加之手术、放化疗等治疗造成…

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性的元素之间需要存在一定的联系或者概率才可以进行相关性分析。相关性不等于因果性，也不是简单的个性化，相关性所涵盖的范围和领域几乎覆…

点击上方↑↑↑“科研谷”关注我们 我们曾经为大家介绍过很多生存分析的在线数据库，如：收藏 | 10大生存分析网页版工具，这些工具可快速帮助大家查询到所感兴趣的基因的预后意义。但同一基因可能在不同数据库中产生相反的结论，这主要是由不同的数据来源和不同的cutoff值而致…

生信论文的套路 ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析； 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要； Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)； STRIN…

实验数据的丰富程度是你能不能发文章的关键，我明明很努力了，可我的文章为什么还这么单薄呢？那是因为有些资源你还没有利用起来，合理利用这些资源能够让你的文章今天跟大家总结一下文章中，那些可以直接为你“产图”的网…

一、生存分析的平台（直接使用平台做生存分析） 生存分析的平台有很多，我使用过以下两种，感觉比较稳定也不错： GEPIA：适合生成生存曲线可视化结果（可以作为参考，但我倾向于自己抽取数…

这期介绍一个基于TCGA和GTEx数据挖掘神器（GEPIA2），个人觉得如果没有编程基础的可以直接利用这个在线小工具分析自己的研究的单个基因或者多个基因，效果还是蛮好的！ 桓峰基因公众号推出转录组分析教程，有需要…

欢迎关注”生信修炼手册”! GEPIA整合了来自TCGA和GTEx项目中的基因表达谱数据，提供了多种数据分析和可视化功能，操作简单，方便广大科研人员对肿瘤的表达谱数据进行挖掘，对应的文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下 https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W98…

所谓工欲善其事，必先利其器，从今天开始，我们来介绍TCGA数据库的使用。今天我们来介绍一款非常容易上手的数据库：GEPIA2 链接点这里 话不多说，直接进入正题 GEP1A2数据来源 如图所示，GEPIA2数据来源于TCGA和GTEx数据库。TCGA我们已经介绍过，不过GEPIA2对TCGA数据经过了筛…

TCGA中存放的不同类型癌症的各类组学公开数据为科研人员进行数据挖掘和深入了解基因功能提供了宝贵的机会。对于没有编程基础的小伙伴，现在有很多在线平台都非常好用， 今天给大家分享一个被高频引用的在线工具：GEPIA2 GEPIA被引文献数 数据库…

书接上回：​​​​​​分享分析TCGA的数据库——GEPIA（一）_李京弦的博客-CSDN博客GEPIA——国产TCGA可视化网站https://blog.csdn.net/weixin_46500027/article/details/123839795?spm1001.2014.3001.5501 继续将GEPIA的分析： 4…

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了，包括生存分析，表达差异分析，相关性分析等，现在，这个数据库又更新了新功能，那就是免疫细…

上回提到TCGA的一个下载数据库UCSC Ｘena数据库： 分享一个TCGA数据库_李京弦的博客-CSDN博客 今天分享一个TCGA分析的数据库——GEPIA，网址是：GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) 下面我们以一个基因——A…

前言 在基于Mybatis的开发模式中，很多开发者还会选择Mybatis-Plus来辅助功能开发，以此提高开发的效率。虽然Mybatis也有代码生成的工具，但Mybatis-Plus由于在Mybatis基础上做了一些调整，因此，常规的生成工具生成的代码…

RedHat Linux下使用Crontab实现Oracle 10g 定时备份(包含SFTP下载说明)。 这是说的定时备份是热备份，也就是写shell脚本，这是的语法是oracle10g的，9i稍微修改(用exp语法) 定时备份后，可以用客户端机器自动下载，用sftp客…