一、引言 最近在利用CASS（或CAD）软件处理项目数据，发现在处理过程中，占用80%时间的制图环节常常是在做一些重复性的工作，所以尝试改变这种低效工作模式。 二、常规操作 （1） 利用CASS&#xff0…

目录 一、选择集1.1 选择集的创建1.2 选择集的编辑1.3 操作选择集 二、命令行设置对话框2.1 设置图层2.2 加载线型2.3 设置字体样式2.4 设置标注样式（了解即可） 三、符号表3.1 简介3.2 符号表查找3.2 符号表删改增 一、选择集 定义：批量选择…

分子数据的聚类分析 聚类分析是一种无监督学习技术，用于根据分子特征将分子分组成若干簇。每个簇中的分子在特征空间中应当相似，而不同簇之间的分子差异则较大。在化学信息学和药物设计中，聚类分析常用于化合物库的分组、潜在药物靶点的发现以及分子多样性分析。 1 聚类分…

首先在官网找到安装教程https://www.rdkit.org/docs/Install.html： 2.提示需要更新conda，输入y，回车； 3.更新完毕后激活刚刚创建的虚拟环境； 4.检验rdkit是否安装成功： 输入python进入python环境&#xff1…

1、rdkit 计算环、芳香环数 参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87350161 芳香性定义参考： 休克尔规则 ：4n+2 https://baike.baidu.com/item/%E4%BC%91%E5%85%8B%E5%B0%94%E8%A7%84%E5%88%99/7496254?fr=aladdin计算环的数量，所有类型的环都会统计 m=Chem.MolFromSmile…

RDKit包含许多用于修饰分子的功能。注意，这些变换功能旨在提供一种简单的方法，可以对分子进行简单的修饰。 文章目录 一、引入所需库二、基于子结构的转换2.1 删除子结构2.2 取代基替换2.3 SAR分析-core可视化2.4 SAR分析-sidechain可视化2.5 拆分手段三、Murcho分解3.1 获取…

GetNeighbors、GetBondBetweenAtoms atom.GetNeighbors() ###获取原子的周围原子 mol Chem.MolFromSmiles("*c1cc(C(O)Nc2cccc(F)c2)nc(-c2ccccc2)n1")for atom in mol.GetAtoms(): ##全部原子i atom.GetIdx() ##原子索引print(atom.GetSymbol()) ##具体对应的…

1、3d键长矩阵获取rdDistGeom from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import rdDistGeom as molDGmol = Chem.MolFromSmiles(O=C1N(C=CN1[C@****)=C(C(N)=O)N=C3)C) bm = molDG.GetMoleculeBoundsMatrix(mol) bm## 3d后键长 AllChem.EmbedMo…

1 使用 RDKit 绘制 2D 分子结构 在化学信息学中，直观地展示分子的 2D 结构图是非常重要的。RDKit 提供了强大的工具来绘制和定制分子的 2D 结构图，使得科学家和工程师可以轻松地可视化分子的构造。本节将介绍如何使用 RDKit 绘制 2D 分子结构，并展示一些常用的绘图方法和技…

发现rdkit同一个分子不同操作得来的mol都原子排序是不同的 解决：以inchi为标准 参考 rdkit.Chem.inchi.MolToInchiAndAuxInfo(mol, options’’, logLevelNone, treatWarningAsErrorFalse) — rdkit文档 auxInfo详细解释在inchi文档 for i,atom in enumerate(m…

RDKit Learning 1.SMILES和MOL之间的转换常用函数： MolFromSmiles(Smiles, (bool)sanitizeTrue , (dict)replacements{} ) -> None sanitize为TRUE执行合格性检查，replacements为替换的字符串的dict MolToSmiles( (Mol)mol , (bool)isomericSmilesT…

1、分子指纹生成 常见生成的方法： a、smiles2fp simles转分子指纹，支持morgan: Morgan fingerprint. * maccs: MACCS keys. * rdkit: RDKit topological fingerprint.三种的函数 from tqdm import tqdm import numpy as npfrom rdkit import Chem from rdkit.Chem import …

Jupyter快捷键 ctrlEnter: 运行 shiftEnter:运行插入下一板块 Tab：补齐面板，需要Enter确认 Esc&Enter：切换模式 RDkit基本概念 smile 简化分子线性输入规范(SMILES)，是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，即…

Rdkit学习记录 方向是药物靶点预测，来记录一下自己的学习过程 参考况逢一朵花儿 文章目录 Rdkit学习记录前言一、读分子操作二、使用步骤1.引入库2.读入数据 总结 前言 安装轻轻松松，手拿把掐，我就不仔细说了 一、读分子操作 示例&#xf…

解决：pip install rdkit-pypi

目录 预读内容分子的表示分子指纹FingerpointSMILESInChIKeyGraph 药物与靶标的相互作用预测 读写分子操作分子修改分子处理2D分子指纹和相似性 RDKit 是一个常用的生物化学信息python工具包。它提供了大量对化学分子2D或3D的计算操作，可生成用于机器学习的分子描述…

文章目录 一、描述符计算模块1.rdkit.Chem.Lipinski模块2.rdkit.Chem.Descriptors模块3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors模块 二、原子描述符可视化1.原子partial charge可视化2.原子logP可视化 一、描述符计算模块 1.rdkit.Chem.Lipinski模块 rdkit中提供了许多描…

🌞欢迎来到AI医学的世界 🌈博客主页：卿云阁 💌欢迎关注🎉点赞👍收藏⭐️留言📝 🌟本文由卿云阁原创！ 📆首发时间：🌹2024年3月17日&am…

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言零、安装一、读写分子1.1 读取分子1.2 写入分子 二、操作分子2.1 获取分子中的原子 GetAtoms()2.2 获取分子中的键 GetBonds()2.3 根据原子编号获取键 GetAtomW…

使用Simscape Electrical设计电机控制器教程 Design-motor-controllers-with-Simscape-Electrical This repository contains MATLAB and Simulink files used in the "How to design motor controllers using Simscape Electrical" videos. 项目地址: https://git…