import dgl import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F一、实现GCN节点分类 1.1 加载cora数据集 import dgl.data # networkx dataset = dgl.data.CoraGraphDataset() print(Number of categories:, dataset.num_classes)输出结果： 一个DGL对象是…

我是一名GNN的初学者，初次接触到dgl，记录一下安装中出现的问题~ dgl的安装 检查pytorch和cuda版本安装dgl检查是否安装成功（1）尝试import dgl,报错 No module named yaml（2）尝试import dgl,报错 No module …

DGL教学 文章目录 DGL教学1. 数据集2. 图特征3. Graph Loader and Training4. 自定义图神经网络 DGL官方文档：https://docs.dgl.ai/index.html 1. 数据集 from dgl.data import DGLDatasetclass MyDataset(DGLDataset):def __init__(self,urlNone,raw_dirNone,save…

利用DGL创建具有3种节点类型和3种边类型的异构图 graph_data {# (src_type, edge_type, dst_type)(drug, interacts, drug): (th.tensor([0, 1]), th.tensor([1, 2])),(drug, interacts,, disease): (th.tensor([1]), th.tensor([2])) }g dgl.heterograph(graph_data)上述代…

2019 年，纽约大学、亚马逊云科技联手推出图神经网络框架 DGL (Deep Graph Library)。如今 DGL 1.0 正式发布！DGL 1.0 总结了过去三年学术界或工业界对图深度学习和图神经网络（GNN）技术的各类需求。从最先进模型的学术研究到将 GNN…

转载请注明出处：小锋学长生活大爆炸[xfxuezhagn.cn] 如果本文帮助到了你，欢迎[点赞、收藏、关注]哦~ 目录 函数说明 用法示例 示例 1: 获取所有边的源节点和目标节点 示例 2: 获取特定节点的出边 示例 3: 获取所有边的边ID 示例 4: 获取所有信息&a…

此篇文章继续上一篇pytorch已经安装成功的情况 （python3.9，pytorch2.2.2，cuda11.8） 上一篇pytorch安装教学链接 进入dgl官网 选择与之匹配的版本 打开Anaconda prompt 打开你所需的环境，我这里的环境名是pytorch2.2…

可以采用pip installl XXX.whl来安装旧版本dgl-cuda（如dgl-cu111） conda安装旧版本dgl-cuXXX pytorch系列（三）——cuda下DGL库安装_dgl cuda-CSDN博客https://blog.csdn.net/qq_30049011/article/details/120763171 dgl-cuXXX.…

1. 如果你同时有dgl dglcu-XX.XX 那么，应该只会运行dgl （DGL的CPU版本），因此，你需要把dgl(CPU)版本给卸载了 但是我只卸载CPU版本还不够，我GPU 版本的dglcu依旧不好使，因此吧GPU版本的也得卸载…

1. 关于DGL： Deep Graph Library (DGL) 是一款涵盖了各种图神经网络模型的Python包，支持通过PyTorch、MXNet 和 TensorFlow等框架进行编译和搭建。它提供对消息传递的多功能控制，通过自动批量处理和高度调参的稀疏矩阵内核进行快速优化&…

主要参考：https://docs.dgl.ai/tutorials/basics/1_first.html DGL是什么 DGL是一种用于简化图神经网络实现的包，感觉官方文档写得很亲民，打算好好拜读一下。 教程问题描述 文档先给出一个“Zachary空手道俱乐部问题”的小例子&#xff0…

常见群落相似性或距离测度的计算 前篇已经初步讲述了关于群落多样性分析中的Beta多样性基本概念，并提到常见的Beta多样性分析方法一般建立在群落相似性/或距离测度的基础上，以及初步介绍了有关群落相似性/或距离测度的基础。 相似性或距离的衡量标准有很多种，Legendre和Lege…

口腔微生物输入量的差异决定了与健康状况相关的两种微生物群肺炎类型 〉原文：Differential Oral Microbial Input Determines Two Microbiota Pneumo-Types Associated with Health Status 〉网址：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.20…

转自CSDN用户刘永鑫Adam的文章221.Beta多样性PCoA和NMDS排序 Jaccard: Jaccard相似性指数（Jaccard similarity index）将两个样方共享的物种数量（a）除以两个样方中出现的所有物种的总和（a + b + c，其中b和c是仅在第一个和第二个样方中出现的物种数量）。计算公式如下： 其…

文章目录 野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应划重点热心肠日报摘要背景结果结论关键词 前言方法堤岸田鼠诱捕与研究设计放射量测定拭子样本采集DNA提取和16S rRNA基因测序数据处理统计分析 结果堤岸田鼠皮肤微生物组成SK菌群组成的alpha和beta多样性基于SK菌…

对scipy.spatial.distance.pdist(X, metriceuclidean, *args, **kwargs)中metric的介绍. 【常用的已标红】 1.braycurtis Bray-Curtis 相异度（Bray-Curtis dissimilarity）是生态学中用来衡量不同样地物种组成差异的测度。其计算基于样本中不同物种组成的…

一个简单线性回归和多项式回归在R中的实现示例 常见线性回归的原理就不多说了，大家都懂，就是普通最小二乘法( Ordinary Least Square ， OLS )回归法，主要用于简单线性回归、多项式回归和多元线性回归。 R语言中，拟合线…

前一段时间忙着转录组数据分析，说好的群落结构差异分析结果解读，严重拖更。期间微生信生物公众号发布了微生物群落分析的详细流程。感觉写的详细，跟我这种已经转了1年半行的确实不一样。虽然......,但是我还是想把硕士期间的笔记整理出来&…

点击上方“芋道源码”，选择“设为星标” 做积极的人，而不是积极废人！ 源码精品专栏 原创 | Java 2019 超神之路，很肝~中文详细注释的开源项目RPC 框架 Dubbo 源码解析网络应用框架 Netty 源码解析消息中间件 RocketMQ 源码解析数…

在数据中穿梭找寻答案，是我们在探索微生物世界的过程中必不可少的一环。然而，单调的数据分析报告是否让你感觉枯燥乏味？这时候数据可视化的技术可就要来大展神通咯！利用图表和图形唤醒沉睡的数据，科学与艺术的搭配&…