16S基因全长1500bp左右，基因序列包括间隔分布的保守区和可变区，对于细菌一般包括10个保守区（C1-C10）和9个可变区（V1-V9）。不同种类的细菌有相同的保守区序列和不同的可变区序列，因此可以根据保守…

微生物多样性测序（扩增子测序）是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测，获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了…

16s分析结果详解 文章目录 16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性（样本内多样性）Chao1ShannonAceSimpsonAlpha多样性指数差异箱形图 Beta多样性分析（样品间差异分析）…

16S科研项目是一个完整的闭环，前期的课题项目设计方案、取样和重复实验设置决定了后期分析报告的数据完整性和项目类型。 想要拿到一手有利用价值的科研报告和项目数据，前期的实验方案设计和后续的分析都起着关键性的作用。 然而有时候拿到报告不知道如何…

qiime2-2020.11 0 环境配置minconda安装qiime2安装安装fastqc multiqc1 下载文件转换2 质检3 Import 导入文件双端单端4 过滤降噪① deblur② dada25 物种注释6 过滤和重采样Table FilteringSequence Filtering7 构建系统发育树多样性计算α多样性LEFse组间分析0 环境配置 min…

NCBI上传16S rRNA测序数据 1.登陆NCBI官网 NCBI官网链接 2.选择上传序列类型 上传16S rRNA测序数据，直接选16S rRNA就可以，然后弹出上传数据集的类型，选择SRA 3.注册NCBI账号 选择SRA后，会弹出如下的一些提示信息，直接选择submit即可； 3.1 进入提交信息页面 …

古细菌（archaebacteria）又叫古生菌、古菌，是一类很特殊的细菌，同时具有原核生物和真核生物的某些特征。古细菌多生活在各种极端的生态环境中，它们代表了生命的极限，确定了生物圈的范围。古细菌和真细菌、真核生物一起，构成了生物的三域系统。古细菌分为泉古菌、广古菌、…

细菌核糖体RNA（rRNA）有三种类型：5S rRNA（120bp）、16S rRNA（约1540bp）和23S rRNA（约2900bp）。5S rRNA基因序列较短，包含的遗传信息较少，不适于细菌种类的分析鉴定；23S rRNA基因的序列太长，且其碱基的突变率较高，不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类；16S rRNA普遍存…

微生物多样性数据分析（16S） 9个可变区，10个保守区，扩增V3区、V4区、或者一起、或者V6、V9。 OTU(Operational taxonomic unit) OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进…

个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。 以下分析的经验，是以测序数据类型为Illumina HiSeq 2500产出的双端250数据类型(PE250)为基础。 扩增测序技术选择&#xff1a…

这篇文章主要写介绍16S测序的相关知识，之后如果我有时间会写16S的数据处理，设计生物信息学的内容。 文章目录 宏基因组学扩增子测序全基因组测序 微生物微生物鉴定形态学生理学噬菌体血清型核酸碱基组成分子杂交 16S测序S-沉降系数超速离心16SrDNA和16Sr…

原文来自fanyucai博文，有修改和删减。 去除嵌合体序列，推荐使用UCHIME多样性中，距离选择现在包括两种，一种是物种距离（Jaccard\Bray-Curtis）；另一种是基于进化的距离(Unifrac),基于进化的距离还…

文章目录 下载并选择合适的版本在QIIME2中使用classify-sklearn && classify-consensus-blast 区别？ 下载并选择合适的版本 下载网址：https://ftp.microbio.me/greengenes_release/current/ 或 https://ftp.microbio.me/greengenes_release/202…

降级说明 1.本教程的线刷方法为9008降级救砖方法，魅族16s 与 魅族16s Pro 的降级救砖、内测降级都可参考本文。 2.本教程只针对 魅族16s 降级到 Flyme 7.3.0.0A 和 魅族16s Pro 降级到 Flyme 7.3.4.0A 进行操作说明。 3.此降级方法将会清除所有数据，刷机…

16S rRNA基因测序（也称16S rDNA测序）是最常用的菌群多样性分析的手段。对于新手，如果收到一份不讲“人话”的16S测序分析报告，很快就会被各种生态学术语、各种指数、各种分析方法弄晕。 7个问题串起16S测序的核心结果 怎么办&…

微生物多样性测序结果如何看？ 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢？ 一文扫…

身处这样一个互联网时代，应当感恩技术带来的便利，从在一个地方不远游就只能是井底之蛙，到今天互联网让我们不出门知天下事，当然，假消息也有。虽然现在许多事和技能仍然需要项目实践，但是不得不说&#xff0…

最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析，发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析，然后发现这方面的资料也比较少，于是学习一下，和大家分享。坦白说，牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的&…

在arm开发板挂载win10的文件夹时，使用NFS工具连接文件 配置win10挂载目录 配置之后，启动Start NFS Server 服务 重启ARM开发板 连接开发板之后，执行： mount -t nfs -o nolock 2.16.30.223:/mfs /mnt/nfs注意： 1、文件…

看了gamepc的NFS服务器搭建，找到了haneWIN NFS英文版，英文用起来看着不爽，虽然设置很简单！于是将其汉化。主要界面汉化效果如下： 软件汉化主要自用，可能不会随版本进行更新，对本汉化版本有兴趣的…