深度学习项目随笔2

article/2025/2/23 20:55:54

http://www.mzlw.cn/g1PHlSp3.shtml

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! function(e, t) {"object" typeof exports && "object" typeof module ? module.exports t() : "function" typeof define && define.amd ? define("soshm", [], t) : "object" typeof exports ?…

C. Good Subarrays Educational Codeforces Round 93 (Rated for Div. 2)

C. Good Subarrays time limit per test 2 seconds memory limit per test 256 megabytes input standard input output standard output You are given an array a1,a2,…,an�1,�2,…,�� consisting of integers from 0…

获取染色体长度（bp）

有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度 #!usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- #codingutf-8 import sys,re tsys.argv[1]#fasta文件 numsys.argv[2]#染色体ID 比如第一条染色体就输入 1 numint(num) nextnumnum1 sca_line0 fopen(t,"r") flag0 f…

jcvi.apps里的fetch模块使用介绍

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 fetch模块里封装了好几个数据库的下载方式 bisect: 搜索…

Python中通过索引名称提取数据loc()函数Python中通过行和列下标提取数据iloc()函数

【小白从小学Python、C、Java】【Python全国计算机等级考试】【Python数据分析考试必会题】 ● 标题与摘要 Python中通过索引名称提取数据 loc()函数 Python中通过行和列下标提取数据 iloc()函数 ● 选择题以下说法错误的是： A loc函数通过行和列的名称…

如何寻找基因的启动子

启动子（promoter）是与RNA聚合酶及转录因子结合调节基因表达的序列。下边我们以人的“FAU”为例介绍一下启动子的查找： 网址：http://genome.ucsc.edu/index.html 1.打开网页，如下图选择左上角下拉菜单的“Human GRC…

RNA-seq数据下载

1. 下载 NCBI公共数据库下载或者SRA官网下载，SRA (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/)网页：直接获取一个项目号里所有样本run号下载后，sra文件转换为fastq格式利用fastq-dump软件，服务器上有，现成使用…

Python爬虫获取geneID对应的NCBI注释

在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。 Sample input： 输入文件如下…

【Python爬虫】植物分类爬取

这次爬取的植物分类，也就是植物所属的界、门、纲、目、科、属、门、种，来自于下面这个网站提供的接口，用户注册之后每天能够调用2000次API。Species 2000 China,Catalogue of Life China,CoL China 物种2000中国节点中国生物物种名录 (sp20…

「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)

在「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓…

一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

基础知识首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb&#x…

生信小白入门必看网站！常用数据库分享

新手上路，如何快速了解自己课题，含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的，可结合自己的研究背景挑选使用，主要是应用在组学研究or基因功能研究中。生信小白入门必看网站&#xf…

大豆重测序-文献精读53

Natural variation in GmSW17 controls seed size in soybean GmSW17的自然变异控制大豆种子的大小摘要种子大小/重量在决定作物产量中起着重要作用，但在大豆中，仅有少数控制种子大小的基因被鉴定出来。在本研究中，我们进行了全基因组关联…

linux 基因组数据下载,批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据

写在前面今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之前的记录。 2017年的记录稍微整理了流程，方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点，一个一个下载，太浪费时间且不稳定。调试了…

linux 基因组数据下载,phytozome植物基因组下载网站

Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功…

拟南芥中基因家族序列的提取

1.拟南芥基因组数据的下载 phytozome 是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要过滤处理 2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件 …

RALM: 实时 Look-alike 算法在微信看一看中的应用

嘉宾：刘雨丹腾讯高级研究员整理：Jane Zhang 来源：DataFunTalk 出品：DataFun 注：欢迎关注DataFunTalk同名公众号，收看第一手原创技术文章。导读：本次分享是微信看一看团队在 KDD2019 上发表的一篇论文。长尾问题是推荐系统中的经典问题，但现今流行的点击率预估…