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2025/4/26 11:27:10
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sra数据下载linux,SRA数据(1)------SRA数据下载
一.prefetch下载: 安装SRA Toolkit: 1.下载Toolkit:进入下面的网址,选择适合自己电脑的版本下载,网速不好的推荐挂后台,80M左右,不大。 2.解压安装: tar -zxvf 文件名$ tar -zxv…
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在NCBI SRA 下载序列文件
在NCBI SRA 下载序列文件 SRA数据库中查找数据在检索框中查找需要的领域相关信息,查找PR号根据已知的PR登入号信息检索使用的数据:下载SRR_Acc_List.txt,里面包含样本的编号文本,下载数据需要根据这个信息读取。 SRA ToolKit (sra-tools) 的安…
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SRATOOLKIT for windows
批量下载SRA并且转换为FASTQ格式 安装配置SRATOOLKIT 本文只介绍windows版本的下载安装方法 下载 你可以访问sratoolkit的官方下载地址选择你需要的安装包,贴出github的地址:01. Downloading SRA Toolkit ncbi/sra-tools Wiki (github.com) 因为gith…
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SRA-Toolkit安装
SRA-Toolkit下载 SRA(Sequence Read Archive)数据库是用于存储二代测序的原始数据的数据库。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies 研…
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Linux服务器安装SRAToolkit教程
SRAToolkit是由NCBI(美国国家生物技术信息中心)提供的一个工具集,用于下载、读取和转换SRA(Sequence Read Archive)格式的数据文件。这些数据文件包含了大规模的核酸序列数据,对于基因组学研究至关重要。本教程将指导你在Linux服务器上安装SRAToolkit。 关于windows如何…
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Windows系统安装SRA Toolkit
在NCBI 官网进入download 选择download tools 找到SRA Toolkit 并点击download 选择Windows系统 下载完成后解压缩 打开此电脑,属性,环境变量 系统变量,双击path 点击新建,将刚刚的bin地址复制,点击确定 返回桌面&am…
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工具:如何在国内高速下载SRA
如何在国内高速下载SRA 下载公共测序数据,一般是通过在NCBI上搜索到study的Run SRA号,然后使用NCBI提供的prefetch下载数据,但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢,因此推荐使用EBI提供的enaBrowserToolsAspera的方式从ENA下…
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利用ascp下载SRA Explorer中转录组数据
最近在windows系统里下载了MobaXterm可以远程登入服务器,处理RNA的数据,需要从NCBI数据库上下载数据。本文提供用虚拟机ubuntu或者linux系统下载Aspera的方法和问题解决,以及从NCBI上批量下载数据库、最后得到一个项目里的所有fastq文件。 Aspera下载数据巨快,100多条fast…
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SRA Tools 项目教程
SRA Tools 项目教程 sra-tools SRA Tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-tools 1. 项目目录结构及介绍 SRA Tools 项目的目录结构如下: sra-tools/ ├── build/ ├── libs/ ├── ngs/ ├── scripts/ ├── setup/ ├── shar…
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SRA数据库及linux本地下载
目录 一、SRA数据库 二、SRA数据库下载 1.SRA Toolkit下载数据 1.1. 下载压缩包 1.2. 解压及配置环境 1.3.下载.sra文件以及转换.fastq文件 2、wget, curl 下载数据 3、aspera下载数据 4、grabseqs下载数据 sra转化为fastq 一、SRA数据库 SRA(Sequence Re…
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SRA Toolkit简单使用(prefetch和fastq-dump)
工具下载网址: 01. 下载 SRA Toolkit ncbi/sra-tools 维基https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 我下载的是linux 3.0.10版,目前最新版如下:https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz pr…
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SRA数据库
简介 序列读取存档(sequence Read Archive,SRA)数据是可通过多个云提供商和NCBI服务器获得的,它是最大的可公开获得的高通量测序数据存储库。SRA接受来自生活各个部门以及宏基因组学和环境调查的数据。SRA存储原始测序数据和比对…
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SRATOOLKIT安装使用教程for_win
SRATOOLKIT安装使用教程for_win 软件下载 官网下载:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 内部下载:http://192.168.1.124/sratoolkit/sratoolkit.current-win64.zip 下载完成后解压到d盘D:\sratoolkit 设置环境变量&…
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SRA数据下载
0.简介 主要讲如何通过利用aspera快速下载sra数据。 1.数据搜寻 一般大多数还是习惯在NCBI上检索数据,比如我随便搜索一个拟南芥的SRA数据。 SRR627952: 但是一般下载还是在EBI上下,EBI和NCBI SRA号是通用的。EBI下载界面比NCBI人性化很多…
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SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献…
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下载sra原始数据(包含储存在sra-sos的数据)
对于一个做生信分析的学生,从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上,我尝试了无数次,aspera也装了,但都不能下载。之后在实验室师兄带…
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Tello无人机版之使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习
预备基础:使用Scratch2和ROS进行机器人图形化编程学习 https://blog.csdn.net/ZhangRelay/article/details/78857311 tello scratch官方版教程,参考dji论坛: Tello特洛无人机Scratch编程入门::bbs.dji.com/thread-167007-1-1.html 但是没有…
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青少年编程 中国电子学会scratch等级考试二级历年真题解析【持续更新 已更新至2024年12月】
中国电子学会scratch等级考试二级历年真题解析 一、考级知识点分析 Scratch二级知识点思维导图 二、Scratch二级历年真题讲解(22套) 选择题真题解析【试读】: 电子学会图形化scratch编程等级考试二级真题答案解析(选择题&#…
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第15届蓝桥杯省赛真题剖析-2024年8月24日Scratch初级组
[导读]:超平老师的《Scratch蓝桥杯真题解析100讲》已经全部完成,后续会不定期解读蓝桥杯真题,这是Scratch蓝桥杯真题解析第185讲。 第15届蓝桥杯省赛已于2024年8月24日正式落下帷幕,比赛仍然采取线上形式。本次省赛初级组和中级组…
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scratch编程结构:基本结构和循环结构
文章目录 程序基本结构1.顺序结构2. 循环结构3. 分支结构 循环结构1. 无限循环2. 遍历循环3.条件循环4. 嵌套循环 程序基本结构 1.顺序结构 顺序结构的程序设计是最简单的,只要按照解决问题的顺序写出相应的指令就行,它的执行顺序是自上而下,…
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