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function(e, t) {"object" typeof exports && "object" typeof module ? module.exports t() : "function" typeof define && define.amd ? define("soshm", [], t) : "object" typeof exports ?…
)
C. Good Subarrays Educational Codeforces Round 93 (Rated for Div. 2)
C. Good Subarrays
time limit per test
2 seconds
memory limit per test
256 megabytes
input
standard input
output
standard output
You are given an array a1,a2,…,an�1,�2,…,�� consisting of integers from 0…
获取染色体长度（bp）
有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度
#!usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
#codingutf-8
import sys,re
tsys.argv[1]#fasta文件
numsys.argv[2]#染色体ID 比如第一条染色体 就输入 1
numint(num)
nextnumnum1
sca_line0
fopen(t,"r")
flag0
f…
jcvi.apps里的fetch模块使用介绍
这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。 该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 fetch模块里封装了好几个数据库的下载方式
bisect: 搜索…
函数Python中通过行和列下标提取数据iloc()函数)
Python中通过索引名称提取数据loc()函数Python中通过行和列下标提取数据iloc()函数
【小白从小学Python、C、Java】
【Python全国计算机等级考试】
【Python数据分析考试必会题】
● 标题与摘要
Python中通过索引名称提取数据
loc()函数
Python中通过行和列下标提取数据
iloc()函数 ● 选择题
以下说法错误的是：
A loc函数通过行和列的名称…
如何寻找基因的启动子
启动子（promoter）是与RNA聚合酶及转录因子结合调节基因表达的序列。
下边我们以人的“FAU”为例介绍一下启动子的查找：
网址：http://genome.ucsc.edu/index.html
1.打开网页，如下图选择左上角下拉菜单的“Human GRC…
RNA-seq数据下载
1. 下载
NCBI公共数据库下载 或者SRA官网下载，SRA (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/)网页：直接获取一个项目号里所有样本run号 下载后，sra文件转换为fastq格式
利用fastq-dump软件，服务器上有，现成使用…
Python爬虫获取geneID对应的NCBI注释
在海量的组学数据中，我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析，提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。
Sample input： 输入文件如下…
【Python爬虫】植物分类爬取
这次爬取的植物分类，也就是 植物所属的界、门、纲、目、科、属、门、种，来自于下面这个网站提供的接口，用户注册之后每天能够调用2000次API。Species 2000 China,Catalogue of Life China,CoL China 物种2000中国节点 中国生物物种名录 (sp20…
)
「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)
在「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓…
一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
基础知识 首先我们了解一些基础知识（注：文中图片皆可点击放大查看！）： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb&#x…
生信小白入门必看网站！常用数据库分享
新手上路，如何快速了解自己课题，含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的，可结合自己的研究背景挑选使用，主要是应用在组学研究or基因功能研究中。
生信小白入门必看网站…
大豆重测序-文献精读53
Natural variation in GmSW17 controls seed size in soybean
GmSW17的自然变异控制大豆种子的大小 摘要
种子大小/重量在决定作物产量中起着重要作用，但在大豆中，仅有少数控制种子大小的基因被鉴定出来。在本研究中，我们进行了全基因组关联…
linux 基因组数据下载,批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据
写在前面 今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之前的记录。 2017年的记录 稍微整理了流程，方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点，一个一个下载，太浪费时间且不稳定。调试了…
linux 基因组数据下载,phytozome植物基因组下载网站
Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功…
拟南芥中基因家族序列的提取
1.拟南芥基因组数据的下载
phytozome 是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理 2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件 …
RALM: 实时 Look-alike 算法在微信看一看中的应用
嘉宾：刘雨丹 腾讯 高级研究员
整理：Jane Zhang
来源：DataFunTalk
出品：DataFun
注：欢迎关注DataFunTalk同名公众号，收看第一手原创技术文章。
导读：本次分享是微信看一看团队在 KDD2019 上发表的一篇论文。长尾问题是推荐系统中的经典问题，但现今流行的点击率预估…
【推荐解读】RALM: 实时 Look-alike 算法在微信看一看中的应用（附PPT下载链接）...
嘉宾：刘雨丹 腾讯 高级研究员 整理：Jane Zhang 来源：DataFunTalk 导读：本次分享是微信看一看团队在 KDD2019 上发表的一篇论文。长尾问题是推荐系统中的经典问题，但现今流行的点击率预估方法无法从根本上解决这个问题。…
珍藏已久的 OS 学习网站拿出来分享给大家
这是程序员cxuan的第14篇原创文章 平常经常看推荐各种资源教程的，感觉有很多文章稂莠不齐，这次我来推荐点硬核的网站，包你有收获。 一般很少有人推荐操作系统的网站吧。。。。。。这几个网站来源于我平常的学习总结，也有一些是来源…
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