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2025/2/23 19:27:06
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如何寻找基因的启动子
启动子(promoter)是与RNA聚合酶及转录因子结合调节基因表达的序列。 下边我们以人的“FAU”为例介绍一下启动子的查找: 网址:http://genome.ucsc.edu/index.html 1.打开网页,如下图选择左上角下拉菜单的“Human GRC…
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RNA-seq数据下载
1. 下载 NCBI公共数据库下载 或者SRA官网下载,SRA (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/)网页:直接获取一个项目号里所有样本run号 下载后,sra文件转换为fastq格式 利用fastq-dump软件,服务器上有,现成使用…
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Python爬虫获取geneID对应的NCBI注释
在海量的组学数据中,我们经常需要根据已有的差异表达基因找到对应的注释信息。那么针对一系列基因ID批量获取其注释无疑能够大大简化后继的分析,提高科研效率。本次来分享使用python爬虫完成NCBI基因注释的方法。 Sample input: 输入文件如下…
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【Python爬虫】植物分类爬取
这次爬取的植物分类,也就是 植物所属的界、门、纲、目、科、属、门、种,来自于下面这个网站提供的接口,用户注册之后每天能够调用2000次API。Species 2000 China,Catalogue of Life China,CoL China 物种2000中国节点 中国生物物种名录 (sp20…
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「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(中)
在「JCVI教程」使用JCVI进行基因组共线性分析(上)还是有一个尴尬的事情,就是只用到两个物种,不能展示出JCVI画图的方便之处,因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析,只不过画图部分拓…
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一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
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生信小白入门必看网站!常用数据库分享
新手上路,如何快速了解自己课题,含有DNA、RNA序列等信息的核酸数据库肯定是需要了解滴。今天分享一部分大家会比较常用到的,可结合自己的研究背景挑选使用,主要是应用在组学研究or基因功能研究中。 生信小白入门必看网站…
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大豆重测序-文献精读53
Natural variation in GmSW17 controls seed size in soybean GmSW17的自然变异控制大豆种子的大小 摘要 种子大小/重量在决定作物产量中起着重要作用,但在大豆中,仅有少数控制种子大小的基因被鉴定出来。在本研究中,我们进行了全基因组关联…
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linux 基因组数据下载,批量下载JGI(phytozome植物基因组数据库)数据
写在前面 今天课题组师妹与我提到,其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情,我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单,以下附上之前的记录。 2017年的记录 稍微整理了流程,方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点,一个一个下载,太浪费时间且不稳定。调试了…
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linux 基因组数据下载,phytozome植物基因组下载网站
Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站,在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错,也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因组如何下载,如何通过blast查询同源基因,以及根据基因相关功…
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拟南芥中基因家族序列的提取
1.拟南芥基因组数据的下载 phytozome 是一个收录植物基因组数据的网站,数据整理比较规范,已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理 2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理,最终得到以下4个文件 …
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RALM: 实时 Look-alike 算法在微信看一看中的应用
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推荐系统领域中那些巧妙运用的idea
本人于2019年12月份在知乎平台上提出了《在推荐系统领域有什么巧妙的idea》的问题,截止目前已经有近1k关注,近40k的浏览,可见大家对于推荐系统领域的广泛关注。 问题详细描述 在推荐系统领域中,无论是工业界或者学术界,…
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摘要 该文首先从youtube推荐任务所面临的实际难题入手,提出了一种切合视频推荐需求的二阶网络推荐算法,具有很强的工程性意义。 1. 简介 YouTube的视频推荐任务目前面临以下三个问题: 规模(scale):推荐算法应当可以适应youtube视频库中海量的视频内容新鲜度(Freshnes…
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